L’Agence consacre une part importante de son activité à l’animation de démarches partenariales. C’est le cas pour la quasi-totalité de ses travaux qui rassemblent plusieurs partenaires politiques ou techniques. Mais ce rôle d’animation constitue l’essentiel de l’intervention de l’Agence pour certaines démarches de coopération métropolitaines et européennes entre collectivités territoriales. L’Agence a ainsi animé plusieurs réseaux de villes et agglomérations, associées pour travailler ensemble sur un thème spécifique, dans le cadre de programmes européens (par exemple le réseau consacré à la culture et aux industries culturelles, dans le cadre du programme Urbact, de 2003 à 2006). En 2005, Lille Métropole Communauté urbaine a confié à l’Agence la mission d’animer le nouveau partenariat de coopération, à l’échelle de l'aire métropolitaine de Lille. L’Agence contribue aussi à certains travaux de l'Eurométropole Lille Kortrijk Tournai.
L’Agence exerce également le rôle d’appui technique aux activités du Conseil de développement de Lille Métropole, depuis la création de ce Conseil, en mars 2002.
L’Agence a également un rôle de communication et de promotion :
« Elle organise la diffusion et la communication de l’ensemble de ses travaux et de ses observations auprès de ses membres » sous forme de publications, régulières ou plus exceptionnelles, comme le « Guide d’architecture de la métropole lilloise » (deuxième édition 2009, Le Passage éditeur). Par ailleurs elle présente ses travaux en de nombreuses occasions (débats …)
Enfin, « elle participe à la promotion internationale de la Métropole et de son patrimoine urbain, architectural et paysager », elle peut ainsi organiser, directement ou dans le cadre de coopérations avec d’autres structures, des expositions ou des colloques.